Продолжение Zone of the Enders основано на механическом бою, в котором игрок снова управляет «Орбитальной рамкой» Джехути. В отличие от приквела, игра теперь сосредоточена на элементах действия, и игроку не нужно защищать нуждающихся мирных жителей, а вместо этого Джехути содержит больше оружия, чем в предыдущей игре. Сюжет разворачивается через два года после событий из Zone of the Enders и фокусируется о Динго Эгрете, бывшем члене марсианской военной организации BAHRAM, лидер которой Ридли «Номан» Хардиман хочет вернуться к нему. Номан стреляет в Динго после его отказа, но агент Кен Маринарис спасает Динго, соединяя его тело с Джехути и заставляя работать, чтобы победить БАХРАМА. У игры был новый директор, Сюё Мурата, которого продюсер Хидео Кодзима назначил, чтобы обеспечить другой опыт. Команда работала над тем, чтобы покрыть критику, которую получила оригинальная Zone of the Enders, в результате чего The 2nd Runner получил больше элементов действия. Игра получила в целом положительные отзывы критиков ...