UFO: Afterlight переносит нас на Марс, где с помощью Ретикуланов была построена человеческая колония незадолго до событий UFO: Aftershock. Марсианская база является самодостаточной и обеспечивает все необходимое для выживания людей. на чужой планете в основном пригодный для дыхания воздух, вода и пища. Хотя люди, населяющие эту колонию, обладают технологиями и знаниями, необходимыми для их дальнейшего развития, их главной заботой является элементарное выживание. Их единственная деятельность — исследование близлежащих раскопок, доказывающих существование древней, разумной и высокоразвитой инопланетной цивилизации.