Perfect Cherry Blossom предлагает на выбор трех игровых персонажей, каждый из которых обладает двумя разными наборами навыков. Рейму Хакурей относительно сбалансирована во всех отношениях. Мариса Кирисаме движется быстрее и использует более мощные атаки с меньшей дальностью. Сакуя Изаёй движется медленнее и использует более слабые атаки, которые могут поразить практически все на экране. Важным дополнением к Perfect Cherry Blossom является система подсчета очков «Вишня». Стрельба по врагам увеличивает ваши очки Cherry Points, бомбардировка или смерть уменьшают ваши очки Cherry Points, а достижение 50 000 очков Cherry Points дает вам временный щит. Вишневые очки в конечном итоге приводят к более высокому Вишневому датчику, который увеличивает очки, которые вы получаете от очковых предметов. Другими важными изменениями являются внешний вид хитбокса вашего персонажа, когда вы сфокусированы, свойства ваших атак в зависимости от того, сфокусированы вы или нет, и полезный курсор вдоль нижнего поля во время битвы ...