Mystic Square позволяет игроку выбирать из четырех уникальных главных героев, каждый из которых происходит из одной из двух предыдущих игр-стрелялок серии даммаку. Главные персонажи сериала Рейму Хакурей и Мариса Кирисаме присоединяются к бывшим врагам Миме и Юке Казами в путешествии, достигающем глубин Макая. Mystic Square также знаменует собой первое появление Алисы Маргатройд в качестве противника, которая позже возвращается в Perfect Cherry Blossom. очень похоже на игры Touhou для Windows. В нем используется вариант системы бонусов мечты Lotus Land Story, вознаграждающий игрока за риск (то есть за сбор очков в верхней части поля). Однако его система рангов более снисходительна, чем в Lotus Land Story.