Прошло два года после последнего турнира King of Fighters, и никто не видел Кё Кусанаги или Иори Ягами с тех пор, как они победили Ороти в кульминации турнира 1997 года, но ни с того ни с сего многим персонажам рассылаются новые приглашения, приглашая их на совершенно новый турнир, хотя это соревнование более секретное, чем те, что были в 96-м и 97-м. В отличие от предыдущих игр серии, в команде четыре персонажа вместо трех, причем четвертый выступает в роли «Страйкера», бойца, чья функция состоит только в том, чтобы вступить в матч, атаковать противника и уйти, не заменяя своих товарищей по команде. Всего есть семь команд, каждая из которых состоит из четырех персонажей, четырех персонажей Team Edit и босса.