Super Mario Maker для Nintendo 3DS содержит все те же инструменты, что и исходная версия для Wii U, но не поддерживает обмен в сети. Вместо этого в него входит 100 курсов, разработанных Nintendo, с особыми задачами. Также новшеством является возможность совместной работы над незавершенными курсами на местном уровне.