Прошло пятьдесят лет с тех пор, как герой Shin Megami Tensei пошел по нейтральному пути, победил лидеров Закона и Хаоса и основал государство, в котором могли свободно жить последователи обеих идеологий. Но его царство свободы длится недолго. Мессианская вера набирает силу, превращая Собор в новую закрытую среду под названием Tokyo Millennium. Гайцы восстают, но их восстание подавляется элитным классом мессианских воинов, Рыцарями Храма. Люди стекаются в инкапсулированный город, подчиняясь строгой иерархии, навязанной Мессианским центром, где только привилегированные жители Центрального района защищены от демонических нападений. Несколько лет спустя отставной боец арены Окамото спасает человека по имени Ястреб. который боролся за свою жизнь с демоном. Он тренирует его сражаться на арене района Вальхалла, надеясь, что он выиграет турнир, который предоставит им обоим гражданство в районе Центр. Когда Хоук преуспевает, его приводят к мессиану...