Sakura Wars — это RPG-стратегия с уникальной сюжетной системой, основанной на симуляторах. Существует глубокая сюжетная линия, как и в любой другой ролевой игре; однако судьба игрока в игре не предопределена. Взаимодействие с персонажами играет важную роль, и ваши реакции на различных персонажей в игре могут в конечном итоге изменить содержание истории и даже окончательный результат. Боевая система разделена на две основные части; наземный бой и воздушный бой. Наземный бой происходит с использованием двуногих механизированных костюмов, которые трансформируются в реактивные истребители, чтобы поднять бой в небо. Каждый механический юнит в игре может трансформироваться из режима боевого меха в режим реактивного истребителя во время боя. После трансформации оружие и методы передвижения также изменятся. Например, в наземном режиме герой использует в качестве основного оружия меч, а в реактивном режиме он будет использовать ракеты большой дальности.