Действие Rune Factory 2 происходит через несколько лет после выхода первой игры. Злая Империя Сехов побеждена, и в Королевстве Норад снова царит мир. Однако так может продолжаться недолго, поскольку темные предчувствия предвещают грядущие опасности. Игрок должен раскрыть источник этих предчувствий и снова принести мир в королевство. Впервые в серии Rune Factory история Rune Factory 2 охватывает несколько поколений. Игроки начинают игру как Кайл, странный человек, который приходит в деревню Альварна. В конце концов, игроки возьмут на себя роль ребенка Кайла, открыв совершенно новое приключение.