Геймплей похож на оригинальную Phantasy Star, первую игру серии. Его боевая система пошаговая, что позволяет игроку выбирать команды для своей группы из четырех персонажей. У каждого из восьми персонажей есть свой набор предпочтительного оружия и доспехов, а также приемов, подходящих для работы персонажа. Игрок должен побеждать врагов в окружающем мире и в подземельях, чтобы продвигаться в игре. В игре отказались от вида от первого лица, который в первой игре использовался для подземелий и сражений. Вместо этого Phantasy Star II использует перспективу сверху вниз для исследования и вид от третьего лица в битвах.