Башня Пандоры фокусируется на путешествиях Аэрона в тринадцать башен, чтобы разрушить проклятие Елены, которое превращает ее в зверя, с помощью своего волшебного меча и цепи. Определенный набор этих монстров называют зверями, так как их плоть может быть использована для временного устранения эффектов проклятия. Основная цель игры - получить «Плоть мастера» от главного зверя каждой башни, поскольку это единственный способ снять проклятие. У игроков есть только определенное количество времени в башнях, прежде чем проклятие Елены усилится (отображается в виде счетчика на экране игрока), и игрок будет вынужден покинуть башню, чтобы дать Елене плоть; таким образом, игроку важно использовать короткие пути, чтобы достичь вершины, а также вернуться назад.