В Nihilumbra играют как в стандартный платформер, управляя Борном, когда он ходит и прыгает по игровым уровням. Игроку нужно избегать нескольких врагов, поскольку поначалу их невозможно победить. Игра разделена на пять миров, которые исследует Борн. В каждом из них игроку предоставляется новый цвет, которым игрок может рисовать на местности (прикасаясь к экрану), чтобы изменить поведение окружающей среды.