Clash of Ninja Revolution охватывает события от арки Экзамены на Чунина до конца арки Поиски Цунаде. Clash of Ninja Revolution использует тот же игровой движок, что и Gekitō Ninja Taisen! БЫВШИЙ. В игре используется аксессуар Nunchuk для пульта Wii Remote для основных атак и специальных атак, требующих определенных движений от обоих предметов. Классический контроллер и контроллер GameCube также совместимы с игрой.