Mortal Kombat 3 привносит новые элементы в серию 2D-файтингов: многоуровневые игровые поля, атаки «Dial-A-Combo», кнопку «Бежать» для ускорения сражений и режим «Против». коды, которые открывают новые силы и способности, когда оба игрока вводят последовательность кодов на экранах перед матчем. Также включены дополнительные сценические фаталити и завершающие приемы, поскольку каждый воин пытается выйти один на один с центаврианским силовиком Мотаро и самим Шао Каном.