Спустя год после событий Metal Slug 3 мир содрогается от новой угрозы таинственного, но смертоносного кибервируса, который угрожает атаковать и уничтожить военную компьютерную систему любой страны. Поскольку Тарма и Эри не могут помочь из-за своих собственных заданий в этом вопросе, Марко и Фио вызываются для расследования ситуации, и к ним присоединяются два новичка, Надя и Тревор. В своем расследовании группа обнаруживает, что за гнусным заговором стоит террористическая организация, известная как Амадей, и что они отправляются в бой против сил Амадеуса, надеясь уничтожить кибервирус до того, как он получит шанс уничтожить военную компьютерную систему всего мира.