В этой стелс-игре от третьего лица, являющейся продолжением Metal Gear Solid (1998), Солид Снейк и Отакон проходят через различные инциденты, стремясь уничтожить угрозы ядерного терроризма по всему миру. Когда президент Соединенных Штатов захвачен на объекте по очистке от нефти Big Shell, агент-новичок проникает на объект, в то время как игрок вынужден сомневаться в своем восприятии доверия, знаний и реальности.