Солид Снейк, ушедший из Fox-Hound, возвращается в этом продолжении Metal Gear. Доктор Кио Марв, изобретатель OILIX, был взят в заложники. Новый командир Fox-Hound, полковник Рой Кэмпбелл, призывает Снейка вернуться на действительную службу, чтобы проникнуть на Занзибар и спасти доктора Марва.