В Mega Man ZX Advent главные герои открывают для себя силу таинственной «биометаллической модели A», которая сама по себе имеет несколько атак, но также имеет особую способность Megamerge, которая позволяет персонажу превращаться в одного из восьми «псевдороидных» боссов. что у каждого есть уникальный набор способностей. После победы над боссом игроки могут подражать их способностям, чтобы находить скрытые маршруты, находить редкие предметы и помогать в битвах с более сильными врагами. Игра в полной мере использует возможности Nintendo DS, чтобы улучшить динамичный игровой процесс и сюжетную линию популярной серии.