Это катастрофа: лаборатория доктора Лайта подверглась нападению доктора Вили и украла некоторые важные детали для роботов. И, если это уже было недостаточно плохо, он взял Ролла в заложники! Мегамен и Протомен идут остановить Вили и натыкаются на Дуо, большого инопланетного робота, который готов помочь. А Басс, все еще злящийся на то, что Вайли возродил еще больше Мастеров Роботов, снова объединяется с доброй стороной, чтобы уничтожить врагов...