Первоначально выпущенный только в Японии 26 декабря 2002 года, Kingdom Hearts Final Mix имеет несколько событий и ряд настроек игрового процесса, которых не было в предыдущих выпусках. Разговорный диалог на английском языке с японскими субтитрами. Были включены новые сцены, проясняющие определенные моменты сюжета, такие как путешествие Рику и предвестие Kingdom Hearts II, но новых диалогов записано не было. Опция игрового процесса позволяет игроку пропускать кат-сцены после их просмотра один раз. Необязательные боссы, впервые включенные в английскую версию, были впервые представлены японским игрокам вместе с новой битвой с «Неизвестным человеком» в попытке вызвать интерес к сиквелу.