Λ Core Plus также имеет новый режим Story. История является продолжением сюжетной линии Guilty Gear XX. У всех персонажей есть сюжетная линия, и истории охватывают основные события, связанные с тайной Гирса, «Того человека», конфликтом с Бюро послевоенной администрации и т. Д. В режиме используется система Zapping с полным разветвлением пути, в общей сложности 350 сценариев. В игре также представлен новый NPC-персонаж: ученый из Бюро послевоенного управления Ворона, который атакует актеров в режиме истории, используя безмозглых клонов Справедливости.