Сюжетная линия EVO: Search for Eden следует тем же схемам, что и современные теории эволюции. Сначала игроки управляют доисторическим морским организмом и сражаются, чтобы получить очки эволюции, с помощью которых он может улучшить части тела своей рыбы и улучшить свои способности атаки / защиты. Геймплей не является полностью линейным, а это означает, что определенный выбор путей и этапов будет влиять на успех игрока. Игра состоит из серии этапов, на которых морской организм постепенно превращается в амфибию, а затем в наземное существо. Физические изменения довольно точны с научной точки зрения, что также придает игре полуобразовательную цель.