Смерш в переводе с русского означает «Смерть шпионам» и так назывался набор отделов контрразведки в Советской Армии, сформированных во время Второй мировой войны. Их задачей было охранять тыл действующей Красной Армии, арестовывая предателей, дезертиров, шпионов и преступных элементов. Во время войны эти агенты стали главной силой борьбы с немецкой разведкой. Главный герой игры — капитан 4-го отдела советской контрразведки. Он профессиональный шпион, обученный самостоятельно выполнять опасные операции. Во время миссий ему предстоит выполнять различные задания в самом сердце вражеской территории, включая кражу важных документов, устранение различных вражеских офицеров или высокопоставленных чиновников, похищение людей и саботаж. Игровые миссии основаны на реальных исторических событиях и операциях, проводившихся военной разведкой и контрразведкой в годы войны.