Через пять лет после событий Borderlands ценный минерал под названием «Эридий» начинает процветать в коре Пандоры. Красавчик Джек, лидер корпорации «Гиперион», охраняет этот новый ресурс и использует его, чтобы править Пандорой железной рукой. Тем временем слухи о еще большем Убежище, спрятанном на Пандоре, распространились по всей галактике, привлекая новую группу Охотников за Убежищами на планету в поисках его.