Однажды персонаж игрока встречает Дэна Кусо, одного из боевых бойцов, который учит его правилам боя с Шуджи. (вы получаете серпеноида, джаггерноида и зауруса, соответствующие атрибуту, который вы выбрали в начале игры). После похода в местный магазин и встречи с Алисой, которая предлагает игроку сразиться с другими дебоширами в парке, чтобы заработать BP (бакуганские очки, игровая валюта), с неба падает странный бакуган по имени Леонидас, который теперь является новым лучшим другом. игрока. (Атрибут Леонидаса зависит от того, какой атрибут вы выбрали). Леонидас - неизвестный и агрессивный бакуган, созданный всей ненавистью и гневом потерянного бакугана, пойманного в ловушку в Измерении Рока. В нескольких боях игрок встретит множество людей, но в то же время пользователь Даркуса по имени Мардук решает править всеми бакуганами вместе с Владитором, еще одним внезапно появившимся бакуганом. Сразу после того, как Нага получил Безмолвное Ядро, печати, державшие Владитора в плену в Измерении Рока...